В 1972 г. ЮНЕСКО приняла Конвенцию об охране всемирного культурного и природного наследия (вступила в силу в 1975 году). СССР ратифицировал Конвенцию 9 марта 1988 года. Государства, на территории которых расположены объекты Всемирного наследия, берут на себя обязательства по их сохранению.
5 декабря 1996 г. на XX сессии Комитета по всемирному наследию ЮНЕСКО в Мериде (Мексика) были утверждены границы Участка всемирного природного наследия (УВПН) «Озеро Байкал» (№ 754). В качестве границы УВПН был избран прописанный в проекте Закона "Об охране озера Байкал" контур ЦЭЗ. Граница ЦЭЗ в законопроекте проходила в основном по вершинам прибрежных хребтов и включала полосу прилегающей к озеру суши в среднем шириной 20 км: от 10 км на юге Байкала и вблизи дельты Селенги до 80 км на севере. Этот вариант границы ЦЭЗ, за небольшими исключениями, совпадал с границами Первой охранной зоны Территориальной комплексной схемы охраны озера Байкал, утвержденной в 1990 г. Президиумом Совета Министров РСФСР.
Но в тексте принятого через три года Федерального закона «Об охране озера Байкал» № 94-ФЗ от 1 мая 1999 г. описания границ не оказалось. Законодатель ограничился статьей 2: «центральная экологическая зона - территория, которая включает в себя озеро Байкал с островами, прилегающую к озеру Байкал водоохранную зону, а также особо охраняемые природные территории, прилегающие к озеру Байкал».
При этом водоохранная зона Байкала не была определена. Согласно Постановлению Правительства РФ «Об утверждении положения о водоохранных зонах водных объектов и их прибрежных защитных полосах» № 1404 от 23 ноября 1996 г. минимальная ширина водоохранной зоны для таких крупных объектов, как Байкал, составляла 0,5 км.
Ситуация изменилась со вступлением в законную силу с 1 января 2007 г. новой редакции Водного кодекса России. Согласно ему, водоохранные зоны озер устанавливаются вне зависимости от их размера или статуса. В документе оговаривается три позиции установления водоохранных зон: для всех озер ее размер составляет 50 м, для озер, имеющих важное гидротехническое значение - 200 м, и отдельно для Байкала. Статья 65 кодекса гласит: "Ширина водоохранной зоны озера Байкал установлена Федеральным законом от 1 мая 1999 г. № 94-ФЗ "Об охране озера Байкал". А статья 2 закона "Об охране озера Байкал" содержит лишь упоминание о водоохранной зоне озера Байкал без какой-либо конкретизации. Байкал стал единственным водным объектом России, не имеющим законодательно определенной водоохраной зоны.
Таким образом, хотя 1 мая 1999 г. был подписан ФЗ «Об охране озера Байкал», границы Байкальской природной территории, ее зон, а также особенности режима хозяйствования в их пределах определены не были.
Лишь 30 августа 2001 г. Правительство РФ выпустило постановление № 643, устанавливающее «Перечень видов деятельности, запрещенных в ЦЭЗ БПТ». В перечень вошел 31 вид деятельности.
